Uzroci nisu u potpunosti istraženi, a javlja se prije svega zbog neodgovarajuće intimne higijene, što može narušiti prirodnu kiselost ženskih dijelova i pogodovati rastu štetnih mikroorganizama.
Simptomi takođe mogu da budu izraženi tokom menstrualnog ciklusa, uzimanja kontracepcije, trudnoće ili menopauze. Bitno je nagasiti da se ne radi o spolno prenosivoj bolesti, ali do bakterijske vaginoze može da dođe nakon seksa. Posebno je rizično često mijenjanje partnera.
Povećani rizik svakako nosi stupanje u seksualni odnos s novim partnerom, korištenje parfimisanih sapuna, pranje donjeg rubnja u snažnim deterdžentima i oralni seks
Ova bolest je posebno podmukla jer polovina žena ne osjeća nikakve simptome i zato nije ni svjesna da ima vaginozu. Ipak, provjera se vrši lako, jednim brisom kod ginekologa.
Iako ne spada u jako opasne bolesti, vaginoza u trudnoći može da izazove pobačaj.