Osuđen je na smrt vješanjem nakon što ga je specijalni irački sud proglasio krivim za zločine protiv čovječnosti koji uključuju ubistva 148 iračkih Ši’ita 1982. godine u znak osvete zbog pokušaja atentata na njega.
Neposredno pred izvršenje kazne Saddam je upitan da li ima želju da iskaže neka svoja kajanja ili strahove, na šta je odgovorio:
“Ne, ja sam vojnik i ne osjećam strah. Čitav život sam proveo u džihadu i borbi protiv agresije. Za bilo koga ko je na takvom putu nema straha.”
Prije nego li su mu oko vrata stavili omču, Saddam je uzviknuo: “Allahu Ekber! Muslimanski ummet će pobijediti a Palestina je arapska!”
Jedan od posmatrača izvršenja kazne mu je dobacio:
“Idi u pakao!”
Saddam je odgovorio: “Pakao? To je Irak?”
Drugi čovjek je zatražio tišinu riječima:
“Molim vas prestanite! Ovaj čovjek čeka izvršenje kazne.”
Nakon toga je obješen, a prisutni doktor je nakon nekog vremena potvrdio smrt. Sahranjen je sutradan u svom rodnom mjestu blizu Tikrita pokraj ostalih članova porodice uključujući njegove sinove Udaya i Qusaya Husseina.
