Farmacija je bila nauka koja je mnogo privlačila pažnju muslimana. Gustav Lubon kaže: „Nauku o farmaciji možemo bez imalo sustezanja pripisati muslimanima. I možemo reći da je ta nauka pravi arapsko-islamski izum.“ (Gustav Lubon, Civilizacija Arapa, str. 494)
Lijekovima koji su bili poznati prije njih dodali su brojne lijekove koje su izmislili i napisali su prve knjige o ljekovitim biljkama. (Dželal Muzhir, Hadaratul-islami ve eseruha fit-terekkil-ilmi, str. 306)
Muslimanski učenjaci napisali su nešto slično leksikonu ili enciklopediji sa rječnikom naziva raznih biljaka, na arapskom, grčkom, sirskom, perzijskom i berberskom jeziku, te rječnikom u kojem su objašnjeni nazivi prirodnih lijekova, dakle lijekova koji nisu umjetno sastavljeni od raznih komponenti.
Najznačajniji doprinos muslimana u ovoj nauci predstavlja uvođenje sistema inspekcije i nadzora za lijekove. (Dželal Muzhir, Hadaratul-islami ve eseruha fit-terekkil-ilmi, str. 312) Dakle, u vrijeme vladavine Me’muna (170. – 218. h.g. / 786. – 833. god.) došlo je do zabrane proizvoljnog bavljenja farmacijom i ova oblast medicine stavljena je pod nadzor države. Na ovaj korak vladara Me’muna navele su mnoge prevare samozvanih farmaceuta koji su tvrdili da imaju lijekove za sve bolesti. S obzirom na to da bolesnici nisu poznavali vrste lijekova, tim farmaceutima uspijevalo je da bolesnicima daju bilo kakve lijekove i na bilo koji način. Zato je Me’mun naredio da se uvede ispitivanje povjerljivosti farmaceuta. Nakon njega je Mu’atesim (179. – 227. h.g. / 795. – 841. god.) naredio izdavanje licenci za rad u oblasti farmacije onome za koga se utvrdi da je povjerljiv i da ima znanje. Tako je farmacija ušla u opći sistem inspekcije koji se zatim proširio u raznim dijelovima Evrope za vrijeme Fridrika Drugog (648. – 607. h.g. / 1210. – 1250. god.).
Riječ „muhtesib“ (inspektor) u izvornom arapskom obliku i danas se koristi u Španiji.
Max Mayer Hoff kaže: „Studije o farmaciji koje su napisane u ovom vremenu ne mogu se prebrojati. Te studije su bile o prirodnim lijekovima koji nisu (umjetno) sastavljeni od komponenti, a najpoznatiji autor tih studija je Ibnul-Bejtar, ili su bile o sintetičkim lijekovima… Ibn Bejtar je napisao knjigu o prirodnim lijekovima. Sabrao je i proučavao razne vrste biljaka i lijekova na obali Sredozemnog mora, u Španiji i Siriji. U svojoj knjizi opisao je hiljadu i četiristo vrsta ljekovitog bilja i uporedio ih je sa opisom više od sto pedeset arapskih učenjaka. To je bio plod duboke studije i preciznog zapažanja i širokog znanja. On je jedan od najvećih učenjaka koji su na arapskom pisali o biljkama.“ (Mebhasut-tibb, menšurun fit-turasil-islamijji bi-išrafi Arnold, str. 485)
U pripremi biljaka i sintezi (sastavljanju lijeka) muslimanski farmaceuti koristili su nove načine, a neki od ovih načina koriste se i danas.
Neki od tih načina su:
-destilacija: odvajanje tekućine;
-amalgamiranje: miješanje žive sa drugim metalima (živa je hemijski element koji u periodnom sistemu elemenata nosi simbol Hg, to je metal koji se na sobnoj temperaturi nalazi u tekućem stanju);
-sublimacija: mijenjanje čvrste faze u gasnu, a nakon toga ponovo u čvrstu bez prolaženja kroz tekuću fazu;
-kristalizacija: izdvajanje čvrste otopljene tvari iz otopine;
-cijeđenje.
Učenjak Er-Razi prvi je koristio živu za sastavljanje kreme, a ovo istraživanje primijenio je na majmunu.
U oblasti farmacije doktori muslimani došli su do brojnih značajnih otkrića: prvi su sjeme kafe opisali kao lijek za srce, a plod kafe (mljevena kafa) kao lijek za upalu krajnika, proljev i upaljene rane; ukazali su na to kamforovo drvo poboljšava rad srca; dodavanjem soka od limuna, narandže ili dodavanjem cimeta i karanfila ublažili su jačinu nekih lijekova; otkrili su neke protuotrove koji se nekad sastavljaju od nekoliko desetina ili stotina lijekova;poboljšali su sintezu opijuma i žive; koristili su travu i opijum i druge stvari za anesteziju. (Vidjeti:Ulemaul-arabi ve ma eatavhu lil-hadara, str. 27-28, od Ferdija Tufana)
Sasvim je očigledno da su učenjaci muslimani imali veliku ulogu u postavljanju temelja farmacije, u njenom razvoju i proširivanju. Napisali su zasebna djela o farmaciji tako da je ona postala prava nauka.
