Dolaskom Osmanlija na Balkanski poluotok širio se i islam, ne samo zbog toga što je bio religija vladara, nego i zbog ideoloških i društvenih razloga. Nadmetanja između Rimokatoličke crkve i pravoslavne Bizantije za dominaciju nad Balkanom, kako u sjajnom tekstu „Građanska prava muslimana Balkana“ piše Kemal H. Karpat, nisu ostavila alternativu nekim vjersko-etničkim grupama, kao što su bogumili, nego da traže utočište u islamu.
Jedino im je islam i vjerska politika Osmanlija dozvoljavao da očuvaju svoj kulturni identitet. To se, ističe Karpat, ogleda u činjenici da je ogromna većina onih koji su islam prihvatili kao svoju religiju sačuvala svoj maternji jezik, posebno u selima i manjim gradovima. Jezičko turciziranje desilo se jedino među obrazovanim slojem, tj. među onima koji su se pridružili osmanijskoj birokratiji i vjerskim institucijama.
Bliska veza muslimana Balkana sa osmanlijskom državom, primjećuje Karpat, prvenstveno je bila odraz jedinstvene osmanlijske kulturne politike. Ona je bila spoj religijskih i političkih vjerovanja i praksi koje su se prilagođavale plemenskoj i etničkoj strukturi lokalnog stanovništva. Zbog toga su muslimani Balkana Osmanlijsku državu doživljavali kao svoju vlastitu državu, a ne kao stranog osvajača. Tako su, piše Karpat, sredinom XIX vijeka izrazi „Turčin“ i „musliman“ na Balkanu postali sinonimi, pa nije bilo neuobičajeno za srpskog ili hrvatskog hrišćanina da bosanskog muslimana naziva Turčinom.
Promjena u političkom i pravnom statusu muslimana Balkana bila je direktna posljedica vojnih i političkih promjena u centralnoj i jugoistočnoj Evropi. Berlinskim kongresom iz 1878. godine oni su od dominantne grupe povezane sa vladajućim autoritetima trensformirani u manjinu kojom su sada vladali raniji sultanovi hrišćanski podanici.
Promjena pravnog i političkog statusa otvorila je vrata nacionalizmu izgrađenom na religijskoj osnovi. Dok su u prošlosti hrišćani u sultanu vidjeli milostivog, pravednog i nepristrasnog vladara, ističe Karpat, sada ga njihove vođe pokazuju kao korumpiranog, netolerantnog, tlačiteljskog i okrutnog muslimanskog despota a muslimane Balkana kao njegovu ostavštinu s kojom je trebalo svesti račune. Muslimani Balkana su na promjenu u svom statusu najčešće odgovarali iseljevanjem u Tursku.
Prema službenim osmanlijskim statistikama koje ne uključuju veliki broj ljudi koji su ilegalno prešli osmanlijske granice, u periodu od 1878. do 1918. godine Balkan je napustilo 1,5 miliona muslimana.
Identitet muslimana Balkana toko posljednjih decenije Osmanlijskog carstva bio je presudno određen seobama i kako dobrovoljnim, tako i prisilnim napuštanjem zavičaja. One se, kako primjećuje Karpat u tekstu „Hidžret iz Rusije i sa Balkana: prosec samodefiniranja u kasnoj osmanlijskoj državi“, mogu smatrati neprekinutim procesom koji je trajao od 1815. do 1918. godine.
Pritom je ključna odrednica identiteta migranata bila njihova pripadnost islamu. Muslimanski identitet ovog stanovništva, piše Karpat, izvanjski se sastojao od određenih objektivnih simbola kao što su imena i obredi putem kojih se pojedinac povezivao sa zajednicom koja je sebe nazivala muslimanskom. Aktivno prakticiranje vjere nije bilo neophodno za nekog da bi se smatrao muslimanom, niti je to bio preduslov za prihvatanje od strane njegove muslimanske skupine.
Karpatova teza je da su se muslimani Balkana identificirali sa islamom u smislu društvenog ponašanja i rituala više nego u smislu političkog sistema, sve dok proces seoba nije izmijenio ovaj relativno pasivni muslimanski identitet u mnogo dinamičniju političku svijest.
U periodu nakon Drugog svjetskog rata, piše Karpat, muslimani su u novonastalim državnim strukturama na Balkanu pod marksističkim režimima trpjeli najteže progone, izuzev onih u Jugoslaviji gdje im je federalni sistem i vanjska politika bazirana na prijateljstvu sa arapskim zemljama osigurala jednu vrstu zaštite, uprkos naporima Srba da nastave svoju diskriminatorsku politiku iz perioda 1918.-1941., kada su oni kontrolirali jugoslavensku unitarnu državu.
Ipak, muslimani Jugoslavije su bili podvrgnuti različitim pritiscima da ih se otuđi od njihove vjere, i da se deklamuju kao Srbi. Bošnjaci su na pritiske reagovali pružanjem podrške hrvatskim političkim partijama, što je u globalu bila mjera samoodbrane protiv srpskog šovinizma. Zbog toga su, uočava Karpat, bili podvrgnuti još većim pritiscima srpskog nacionalizma.
Iako su se bosanski Muslimani žestoko opirali pritisku s onu stranu Drine, on je ostavio značajan trag: oslabio je bošnjačko sjećanje na historijske veze sa Osmanlijama i doveo do stvaranja novog bošnjačkog nacionalno-političkog identiteta sa sekularnom dimenzijom koji je, ipak, bilo ukorijenjen u starom muslimanskom religijskom identitetu.
Novi identitet koji nije bio ni srpski ni hrvatski, već bošnjački, postao je dijelom Federativne republike Jugoslavije formirane nakon Drugog svjetskog rata. On se na neki način realizirao 1971. godine kad su Bošnjaci bili i službeno priznati kao „muslimanska nacionalnost“.
Ipak, u ovoj sintagmi Bošnjaci su određeni kao vjerska skupina. Obnovu bošnjačkog etničkog i nacionalnog identiteta kao političkog subjekta u novonastaloj geopolitičkoj mapi regiona, smatra Karpat, presudno je odredilo buđenje srpskog nacionalizma.
