On je optužen da je tokom septembra 1992. godine, za vrijeme ratnog stanja u BiH i u vrijeme oružanog sukoba između Vojske Republike Srpske (VRS) i Armije R BiH, u svojstvu vojnika VRS, na području naselja Grbavica u sarajevskoj općini Novo Sarajevo, postupao suprotno Ženevskoj konvenciji o zaštiti civilnih lica za vrijeme rata, vršeći povredu ličnog dostojanstva naročito uvredljivim i ponižavajućim postupcima, te napadom na dostojanstvo žrtve, ženske osobe bošnjačke nacionalnosti.
Optužnica ga tereti da je 29.09.1992. godine u večernjim satima zajedno sa pripadnikom VRS Veselinom Vlahovićem po nadimku „Batko“ i dvojicom NN pripadnika VRS, došao naoružan do porodične kuće, te lupajući na vrata ušao u kuću, u kojoj su zatekli bračni par sa njihovom tada maloljetnom kćerkom.
Dok je jedan od vojnika držao stražu ispred vrata, optuženi je uz upotrebu sile i prijetnje počinio silovanje i seksualno zlostavljanje žrtve bošnjačke nacionalnosti, koje je počinjeno na naročito surov način, na oči njenog supruga, kojeg su Batko i drugi NN vojnik prisilili da to gleda, a nakon toga ga je Batko ubio, tako što je njenog supruga brutalno zaklao.
Milkan Gojković optužen je da je počinio krivično djelo ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 173. stav 1. tačka – e KZ-a BiH u vezi sa članom 180. stav 1. istog Zakona.
