Glavni razlog je Thiago Alcantara. Guardiola je dopustio talentovanom veznjaku da liječenje nastavi u Španiji nakon povrede ligamentata, ali klupski ljekar Hans-Wilhelm Müller-Wohlfahrt je bio protiv toga.
Müller-Wohlfahrtu se nije svidio način na koji teče oporavak te je mislio da Guardiola požuruje oporavak španskog reprezentativca, na kraju je Thiago morao biti ponovo operisan zbog čega će propustiti Svjetsko prvenstvo u Brazilu.
Već na početku sezone ovaj dvojac je imao verbalni sukob kada je morao reagovati i sportski direktor Mathias Sammer, tom prilikom trener Bayerna je zatražio da se ljekar odstrani iz kluba.
